对家园自然资源的破坏行为主要体现在过度开采、不合理规划以及资源浪费等方面。玩家可通过频繁开采矿石、砍伐树木等方式消耗自然资源，这些行为会导致矿区枯竭、森林覆盖率下降。持续在伐木场采集木材而不补种树木，或大量使用中控台自动化设备导致能源快速耗尽，均会加速资源枯竭进程。家园中的土地若长期种植单一作物且不轮休，土壤肥力会逐渐退化，影响后续作物产量。
破坏自然资源的另一关键方式是通过极端天气或任务机制间接达成。游戏设定中，雨天采摘的毛毛菇和大头菇可通过制作高价菜品换取摩尔豆，但这种集中采集会消耗特定区域的菌类资源。黑森林任务中采集毒花刺、粘液等材料时，过度互动会导致该区域生态失衡，部分植物不再刷新。夜间无限刷新黑白浆果的机制若被滥用，也可能破坏浆果丛林的生态平衡。
资源管理不当同样是破坏家园的重要途径。玩家若忽视动物栏的清洁与喂养，动物好感度降低会导致产出减少甚至死亡。禽舍和畜舍的容量超限会引发动物健康问题，例如鸡窝满蛋后不再生产。未及时修复的建筑控台漏电问题，会持续消耗额外资源进行维修。订单任务中提交稀有鱼类或特殊作物时，若未预留繁殖个体，可能导致该类资源永久性减少。
从系统机制层面看，部分功能设计客观上助长了资源破坏。自动种植系统若未合理设置间隔，会导致土地长期超负荷运作。邻居系统的版图扩张虽然增加了可装饰空间，但需要更多木材和石材作为建材。小镇创建消耗的5000摩尔豆若通过砍伐树木快速获取，将直接减少森林储备。三级洒水器覆盖的7×7范围虽提升效率，但大面积单一作物种植会削弱生物多样性。
游戏内的时间机制对资源破坏存在放大效应。作物生长周期与离线时间不匹配时，玩家倾向于选择速生型植物，导致高价值慢熟作物逐渐被淘汰。鱼类刷新受昼夜和天气限制，晴夜钓取刺头鱼等稀有鱼种的行为会打破水域生态平衡。季节性活动如万圣节任务需要大量南瓜，可能引发短期内的集中开采。这些时间敏感性操作往往以牺牲长期资源稳定为代价。
游戏本身设有资源再生机制作为平衡。孢子花采集可恢复生命值，萤火草种子能重新种植，紫色石头等任务物品会周期性刷新。玩家可通过控制开采频率、轮换种植区域、及时修复建筑等方式减缓破坏进程。但若持续采取高压开采策略，家园的自然资源系统最终将陷入不可逆的衰退状态。
