神兽作为稀有且强大的宝可梦，分布在地图特定位置，部分需满足特殊条件才会出现。原版可捕捉的神兽包括三圣鸟（闪电鸟、火焰鸟、急冻鸟）、超梦、梦幻、洛奇亚、凤王、雷公/炎帝/水君（根据初始宝可梦决定），以及部分隐藏神兽如古拉顿、冰神柱等。这些神兽等级普遍在50级需提前准备高级球、状态技能及属性克制的队伍。
三圣鸟的捕捉地点较为固定：火焰鸟位于1号岛灯火山山顶，需攀爬至顶部触发战斗；闪电鸟在枯叶市无人发电厂深处，需冲浪技能抵达；急冻鸟则藏于双子岛洞穴底层，需推石堵住瀑布水流后进入隐藏洞穴。超梦作为剧情最终神兽，需通关后前往华蓝洞窟最深处挑战，其等级高达70级且技能组合强势，建议携带恶系宝可梦应对。梦幻需在红莲岛研究所取得秘密钥匙后触发，而洛奇亚和凤王分别出现在3号岛草丛及1号岛下方草丛，需完成特定剧情后随机遭遇。
古拉顿需在1号岛火焰山地下探索，岩神柱（雷吉洛克）出现于岛1上方草地，冰神柱（雷吉艾斯）在双子岛滑冰场通过特定路径触发。三圣兽（雷公、炎帝、水君）的遭遇与初始宝可梦选择相关：若初始选择小火龙，通关后将在关东地区随机遭遇水君；选择妙蛙种子则对应炎帝，杰尼龟对应雷公。这些神兽的移动轨迹随机，需多次切换地图刷新位置。
捕捉策略上，建议优先削弱神兽血量至红色状态，并施加睡眠或麻痹效果以提高捕获率。闪电鸟对地面系技能无抗性，可借此压制；火焰鸟弱水系与岩石系，急冻鸟则惧怕火系与钢系攻击。超梦需注意其高特攻属性，优先使用恶系招式避免被精神干扰压制。大师球推荐保留给难以控制的隐藏神兽，如随机移动的三圣兽或高等级洛奇亚。
最后需注意，部分神兽如吉拉奇（幽灵塔顶楼）和雪拉比（3号岛左侧森林）需完成支线任务或解谜才能触发。游戏中的神兽不仅是战力核心，也关乎图鉴收集完成度，建议在挑战前存档以应对突发情况。通过合理规划路线与资源，玩家可逐步收服全部神兽，完善自己的宝可梦阵容。
