分配避难所的核心在于理解不同发展阶段的核心矛盾并提前布局。游戏进程可按人口规模划分为几个关键阶段，每个阶段的资源需求与威胁重点不同。在1至39人口阶段，电力是首要资源，需要储备充足电力并防范鼹鼠窃电。当人口增长至40至49时，外部辐射威胁加剧，必须累积辐射抵抗物资如消辐宁，以应对食尸鬼带来的污染。进入50至60人口阶段，随机出现的蝎子会偷取电力，此时的策略是待电力恢复至一定水平后再行动，工作区域应集中高效以快速处理各类事件。整个布局需要为未来的升级和改造预留空间，因为同类房间合并后再升级能节省大量资源，但要注意盲目扩建会加剧电力消耗，导致部分房间在缺电时停摆。
房间的物理分配深刻影响管理效率与安全。一个高效的布局通常遵循功能分区原则。电力作为所有设施运转的基础，其生产房间应优先布置在避难所上层或入口附近，便于快速收集资源并形成第一道防御缓冲。水与食物生产房间可以紧随其后。每层建筑的空间有限，在规划时需计算格子数，最优解往往是每层安排两个三联大房间搭配一个双联中房间，并通过一部电梯贯通上下，过度密集的电梯会挤占宝贵空间并增加电力负荷。将相同类型的生产房间相邻建造并合并，不仅能提升单次产出效率，还能在灾害发生时便于集中调配人手处理。无人操作的仓库、宿舍等辅助房间可以放置在更深的楼层或边缘位置。
居民的分配是驱动避难所运转的关键。每位居民都拥有力量、感知、耐力、魅力、智力、敏捷和运气七项属性，将他们分配到对应属性要求的房间能显著提升生产效率。力量高的居民在发电站工作更快，感知高的居民适合水处理室，敏捷高的居民则能加速餐厅的食物生产。除了基础生产，属性也决定了居民的特长发展方向。高耐力的居民在升级时会获得更多生命值，适合培养为探险者或守卫；高幸运的居民能提高生产加速的成功率以及在废土探险中获取更多瓶盖。需要建立专门的训练室来提升居民的关键属性，并将训练区设置在靠近工作区的中间楼层，以减少人员往返的时间损耗。
针对外部威胁与内部灾害的防御分配同样需要精心筹划。避难所大门是防御的第一线，配备高伤害武器和高耐力居民的守卫至关重要。在紧邻大门后的房间布置大型电力设施并驻扎战斗人员，可以构筑有效的防御纵深。对于内部频发的火灾、虫害等灾害，分配原则是确保每个房间至少有一名居民，以便在灾情发生时能第一时间扑灭，防止其向无人房间蔓延。治疗针和消辐宁的库存量需要通过建造和升级医疗室与科学实验室来提升，而非依赖仓库空间，并应将其放置在易于取用的位置，以便快速分配给受伤居民或即将出发的探险队。合理利用巧手先生这类自动化单位，将它们分配到同类型资源生产层，可以实现离线期间的资源自动收集，减轻管理负担。
探险活动的分配是获取高级装备与资源的重要途径。派遣居民前往废土前，需要根据其属性进行装备分配。高耐力能减少辐射伤害，高幸运能增加获得瓶盖和优质物品的几率。为探险者配备你所能提供的最强力武器和充足的治疗针与消辐宁，能极大延长其在外的生存时间与探索深度。探险的收益与时间成正比，因此需要规划好居民的派遣与返回节奏，形成交替循环，确保不断有资源从废土运回。在避难所内部，当人口增长需求放缓时，可以通过将居民拖动到废土再瞬间拉回的方式，快速制造一批空闲人口，以应对突发的危机事件，实现人力的灵活调配。
